Balai Sungai mempunyai fungsi untuk melaksanakan penelitian dan pengembangan di bidang persungaian. Layanan litbang ditujukan untuk pemberian advis teknis di bidang tersebut melalui kegiatan survei, penyelidikan, pengkajian, modelisasi fisik dan matematik serta perencanaan prasarana persungaian.

Balai Sungai ini dilengkapi dengan laboratorium dalam ruangan (indoor-laboratory) dan laboratorium lapangan (outdoor-laboratory) serta didukung oleh tenaga-tenaga fungsional yang profesional.

Agar prasarana sumber daya air dapat dikelola dan dimanfaatkan seoptimal mungkin serta dapat dikendalikan dampak negatif yang ditimbulkan, maka cakupan kegiatan litbang sungai diarahkan pada lingkup fenomena perubahan morfologi sungai, agradasi / degradasi dasar sungai dan pengendalian banjir secara komprehensif, di samping secara partial meliputi percabangan sungai, pertemuan sungai, muara sungai dan lain-lain, serta penyusunan norma, standar, pedoman dan manual yang berkaitan dengan sungai.