Balai ini mempunyai fungsi untuk melaksanakan penelitian dan pengembangan, pengujian dan penyiapan saran teknis, penyusunan standar di bidang irigasi. Untuk menunjang kegiatan tersebut Balai Irigasi dilengkapin dengan laboratorium mekanika tanah, laboratorium beton dan aspal, laboratorium hidraulika pada ruang terbuka dan tertutup seta peralatan-peralatan lain sebagai pendukung kegiatan.
Lingkup kegiatan litbang irigasi berkaitan dengan efisiensi penggunaan air irigasi, keakuratan perhitungan kebutuhan air irigasi, pengendalian kebocoran dan kehilangan air (peresapan, penguapan, kelebihan), pemilihan pola tanam, sistem pemberian air, bangunan-bangunan prasarana dan sarana irigasi instrumentasi dan sebagainya.

Diharapkan kebutuhan air untuk irigasi akan dapat teratasi, kualitas jaringan irigasi dapat ditingkatkan sehingga lebih efisien dan efektif di dalam pengoperasian dan pemeliharaanya.

Sedangkan penelitian dan pengembanan pada bidang tata air berkaitan erat dengan perencanaan dan pengelolaan wilayah sungai serta konservasi sumber daya air. Kegiatan litbang meliputi metodologi pemilihan strategi, penyediaan dan alokasi air, teknik pengendalian banjir dan sedimentasi dalam menunjang penataan ruang secara holistik yang berwawasan lingkungan.

Balai irigasi bertugas pula menyusun norma, standar, pedoman, manual yang berkaitan dengan irigasi dan tata air.